vorrei sapere se è normale che a partire dal 1660 mi scompaia il causus belli holi war e che sebbene sia controllore papale mi risulti impossibile scomunicare(l'opzione non compare neppure)
Sì, è normale. Dopo una certa data del 1600, che non ricordo precisamente, le questioni religiose (guerre sante, scomunica et similia) perdono potere.
Questo avviene di norma dopo il 1650. Questo perchè (nella storia reale) dopo il 1648, con la fine della guerra dei trent'anni, ultimo grande conflitto europeo scoppiato per questioni religiose, non si ebbero più i grandi slanci religiosi di prima.