C'è un modo per far si che, se per esempio i Borboni uniscono l'Italia, sulla bandiera italiana vada il loro stemma e non quello savoiardo?
Questo. Ti basterebbe modificare con un programma di grafica il file della bandierina. Altrimenti dovresti creare un altro tag ITA, insomma una nuova nazione chiamata sempre "Italia", per ogni altro stato pre-unitario.
Ho cercato di aprire il file "ITA_republic" con paint ma mi dice " impossibile leggere il file. File bitmap non valido o non supportato. "
Paint di windows? Quello non è buono ad una mazza... Scaricati programmi freeware come Paint.net o Gimp, sono dei discreti programmi per creare/modificare immagini. E dovresti riuscire senza problemi a modificare anche i file di Victoria 2.